花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒炭疽病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏病。
花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。防治措施：合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。

整地造林：不同类型造林地采用不同的整地方法。一般采用大坑造林，坡地较陡时采用水平沟造林，坑的规格应大于30×30×30cm，坑内应放农家肥和钙镁磷肥等作底肥。造林规格：株行距3×4m，每亩56株。造林时间：一般在冬春季节、立春前进行。冬春太干旱的地区，也可雨季进行，但应在立秋前完成，栽植时减去部分叶片，减少蒸发，以利提高成活率。
生产管理：①栽植后，当年要松土除草2-3次，每年秋季开始，在花椒树冠内浅挖、树冠外深挖并施肥，不要伤根，在施肥时应侧重于磷钾肥，以维持旺盛的长势。②培土蓄水保墒：中耕除草时，要注意给花椒树根部培土，把根颈部土堆高，即可保温防冻，又可防止根部积水过多。③整形修剪：整形修剪可使花椒树形成合理的树体骨架，也可及时除去病虫枝，使之充分利用光能、空气，促进根系生长，利于提早结果，提高产果量。